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Python解析多帧dicom数据详解

时间:2020-01-14 08:11:42  来源:优讯网  作者:小卡司  浏览次数:
今天小编就为大家分享一篇Python解析多帧dicom数据详解,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧
 

概述

pydicom是一个常用python DICOM parser。但是,没有提供解析多帧图的示例。本文结合相关函数和DICOM知识做一个简单说明。

DICOM多帧数据存储

DICOM标准中关于多帧数据存储的最重要一部分说明是PS3.5 Annex A.4 A.4 Transfer Syntaxes For Encapsulation of Encoded Pixel Data。

无论何时,Pixel Data都存放在Pixel Data (7FE0,0010)中。有可能是直接存放的(native),也有可能是被打包存放的(encapsulated)。常见的多帧图一般采用打包存放的方式,特别是在数据存采用压缩格式的时候。

在打包存放时,数据被拆分成很多数据段(Data Stream Fragment),每个段保存成一个Tag为(FFFE,E000)的DICOM 项目(item)。其中第一个项目保存基础偏移表(Basic Offset Table),保存每个帧的起始偏移。然后,后面的数据段保存真正的数据。

**理论上,一帧(Frame)可以保存在多个数据段(Fragment)中。**但是,一个数据段不会保存两帧的数据。实际应用中,很少见到Frame跨数据段的情况,不过好的DICOM Parser应该支持这种情况。这就是导致有些DICOM库的接口看起来有点古怪的原因。

pydicom应用

以pydicom 1.2为例,pydicom.encaps封装了多帧有关的功能。解析最可能用到的几个函数

多帧使用 pydicom.encaps来处理

pydicom.encaps.decode_data_sequence 返回每个(FFFE,E000)组成的item,形式是byte string的list。这样一次拿到了所有fragment数据,可能比较耗内存。注意理论上拿到的不是帧(Frame)

pydicom.encaps.generate_pixel_data 生成一个generator。每次迭代,返回做成一个fragments tuple,每个fragment是一个bytes,每个tuple是一个Frame。如果一个Fame保存在一个Fragment中。tuple就只有一个元素。

pydicom.encaps.generate_pixel_data_frame 迭代每次返回一个bytes,这个bytes代表了帧的全部数据。这应该是最常用的函数。代码实现就是把generate_pixel_data生成的tuple给拼接起来了。

这几个方法的输入都是pixel_array。相应的Pydicom提供了用fp做参数的方法。

以上这篇Python解析多帧dicom数据详解就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考

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原文链接:https://www.jb51.net/article/178377.htm


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