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python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)

时间:2020-01-17 08:22:07  来源:优讯网  作者:小卡司  浏览次数:
今天小编就为大家分享一篇python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现),具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧

1. 用SimpleITK读取dicom序列:

 
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import SimpleITK as sitk
import numpy as np
img_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\original\\1'
mask_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1'
  
reader = sitk.ImageSeriesReader()
img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path)
reader.SetFileNames(img_names)
image = reader.Execute()
image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # z, y, x
  
reader = sitk.ImageSeriesReader()
mask_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(mask_path)
reader.SetFileNames(mask_names)
mask = reader.Execute()
mask_array = sitk.GetArrayFromImage(mask) # z, y, x

2. 用dicom读取单张dicom图像并显示:

 
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import dicom
import pylab 
  
ds=dicom.read_file("F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\
groundtruth\\1\\FILE0001_seg.dcm"

pixel_bytes = ds.PixelData
  
##CT值组成了一个矩阵
pix = ds.pixel_array
  
##读取显示图片
pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone)
pylab.show()
如果要对dicom图像中的像素值进行修改,继续执行以下代码:
 
##修改图片中的元素,不能直接使用data_array,需要转换成PixelData
for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300
  if val < 300:
    ds.pixel_array.flat[n]=0
ds.PixelData = ds.pixel_array.tostring()
ds.save_as("newfilename.dcm")

3. 此外,用pydicom也可读取dicom图像

以上这篇python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考

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原文链接:https://www.jb51.net/article/178631.htm


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